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조세LEGAL MATERIALS

이름만 대표이사였는데 세금 3억 3천만 원 부과, 전액 취소 승소

2026.10.27조회 5
사건 개요
회사 운영에 관여하지 않았는데 부과된 3억 3천만 원의 종합소득세
의뢰인은 리조트 운영 법인의 대표이사로 등기되어 있었다는 이유로 약 3억 3천만 원의 종합소득세를 부과받았습니다.
해당 법인은 숙박업과 휴양콘도미니엄업 등을 운영하던 회사로, 실제 경영자들이 회사 인수 과정에서 빌린 자금을 갚지 못하면서 채권자들과 갈등을 겪고 있었습니다.
채권자들은 실제 경영자들이 자신들 몰래 회사를 매각하는 것을 방지하기 위해 의뢰인을 대표이사로 등재하도록 요청했습니다.
그러나 의뢰인은 회사의 자금집행이나 경영에 실질적으로 관여하지 않았다는 입장이었습니다.
이후 세무조사에서 해당 법인의 법인세 신고 누락 사실이 확인되었고, 과세관청은 의뢰인이 대표이사로 등재되어 있던 기간에 해당하는 금액을 상여로 처분했습니다.
그 결과 의뢰인에게 2012년 귀속 종합소득세 331,990,820원이 부과되었습니다.
의뢰인은 과세처분에 불복해 조세심판을 청구했지만, 재조사 이후에도 과세처분이 유지되자 법무법인 태한을 통해 취소소송을 진행했습니다.
핵심 쟁점

법인등기부에 대표이사로 등록되었다는 이유만으로 세금을 부과할 수 있는가?

법인이 세무상 소득의 귀속을 명확히 밝히지 못한 경우, 일정한 요건에 따라 대표자에게 소득이 귀속된 것으로 보아 과세할 수 있습니다.

그러나 여기서 말하는 대표자는 단순히 법인등기부에 이름이 올라간 사람이 아니라 실질적으로 회사를 운영한 사람이어야 합니다.

이번 사건에서는 의뢰인이 등기상 대표이사였다는 사실에는 다툼이 없었습니다.

문제는 의뢰인이 실제로 회사의 경영을 지배하고 자금집행이나 주요 의사결정에 관여했는지 여부였습니다.

급여 지급 기록과 대표이사 명의의 문서가 실제 경영의 증거가 되는가?

과세관청은 의뢰인이 법인등기부에 대표이사로 등재되어 있었고, 회사에서 근로소득을 지급받은 것으로 신고되었다는 점 등을 근거로 실질적인 대표이사라고 주장했습니다.

실제로 회사의 근로소득지급명세서에는 의뢰인이 4,800만 원의 급여를 받은 것으로 기재되어 있었습니다.

또한 일부 주주총회 및 이사회 회의록에는 의뢰인이 대표이사로서 기명·날인한 것으로 표시되어 있었습니다.

따라서 이러한 형식적인 기록이 실제 회사 운영을 입증할 수 있는지가 중요한 쟁점이 되었습니다.

태한의 대응

등기상 대표이사와 실질적인 경영자의 차이를 집중적으로 다툼

법무법인 태한은 의뢰인이 대표이사로 등재된 사실과 실제 회사 경영에 관여했다는 사실은 구분되어야 한다는 점을 핵심 쟁점으로 삼았습니다.

특히 의뢰인이 대표이사로 등재된 경위에 주목했습니다.

회사의 실제 경영자들은 채권자들로부터 거액의 인수자금을 차용했지만 이를 상환하지 못하고 있었습니다.

채권자들은 회사가 임의로 매각되는 상황을 방지하기 위해 의뢰인을 대표이사로 등재하도록 요청했습니다.

이러한 배경은 의뢰인이 회사를 실질적으로 운영하기 위해 대표이사가 된 것이 아니라, 채권자들의 권익을 보호하기 위한 목적으로 등재되었다는 주장을 뒷받침하는 중요한 사정이었습니다.

실제 자금관리와 업무지시를 누가 했는지에 주목

이 사건에서는 회사의 실질적인 운영 주체를 판단할 수 있는 여러 증거가 검토되었습니다.

회사의 자금관리 담당자는 의뢰인으로부터 업무지시를 받거나 자금관리에 관해 보고한 사실이 없다고 증언했습니다.

또한 회사 운영에 관한 중요한 의사결정과 자금집행은 다른 경영자들이 담당했다고 진술했습니다.

급여 지급 기록 역시 중요한 쟁점이었습니다.

의뢰인에게 4,800만 원의 급여가 지급된 것으로 신고되어 있었지만, 실제로 해당 금액이 지급되었다는 객관적인 자료는 확인되지 않았습니다.

법원은 이러한 증언과 자료를 종합해 의뢰인이 실질적으로 회사를 운영했다고 보기 어렵다고 판단했습니다.

기존 형사판결과 관련 자료를 통한 실질 경영관계 확인

회사의 실제 경영자들과 관련된 형사사건에서는 이들이 회사의 자금집행과 주요 의사결정을 담당한 사실이 인정되었습니다.

또한 회사의 각종 계약서와 관련자들의 진술에서도 다른 경영자들이 실질적으로 회사를 운영한 정황이 확인되었습니다.

반면 의뢰인이 회사 운영에 관한 최종결재권을 행사하거나 자금집행을 주도했다는 객관적인 자료는 부족했습니다.

법원은 이러한 사정들을 종합하여 의뢰인이 명의상 대표이사에 불과하다는 주장을 받아들였습니다.

사건 결과

종합소득세 약 3억 3천만 원 전액 취소

서울행정법원은 의뢰인의 청구를 전부 받아들였습니다.

법원은 의뢰인이 법인등기부에 대표이사로 등재되어 있었지만, 실질적으로 회사를 운영했다고 볼 수 없다고 판단했습니다.

이에 따라 의뢰인이 실제 대표이사였다는 전제에서 이루어진 종합소득세 부과처분은 위법하다고 인정했습니다.

그 결과 2012년 귀속 종합소득세 약 3억 3천만 원(가산세 포함)의 부과처분이 전부 취소되었습니다.

소송비용 역시 과세관청이 부담하도록 판결했습니다.

이번 사건은 법인등기부에 대표이사로 등록되어 있다는 사실만으로 거액의 세금 부담이 정당화되는 것은 아니며, 실제 회사 운영에 관여했는지를 구체적으로 판단해야 한다는 점을 보여주는 사례입니다.

판결문·결정문

서울행정법원은 2017년 12월 7일 선고한 종합소득세부과처분취소 사건에서 의뢰인의 청구를 인용했습니다.

법원은 대표자에게 귀속되는 것으로 보는 인정상여에 관한 규정을 적용할 때, 법인등기부에 대표이사로 등재되어 있더라도 실질적으로 회사를 운영하지 않았다면 해당 소득을 귀속시킬 수 없다는 법리를 적용했습니다.

의뢰인의 대표이사 등재 경위, 실제 경영자들의 자금관리 및 업무집행, 직원들의 증언, 급여 지급 여부 등을 종합한 결과 의뢰인은 형식상 대표이사에 불과하다고 판단했습니다.

이에 따라 종합소득세 약 3억 3천만 원의 부과처분을 취소하고 소송비용은 과세관청이 부담하도록 판결했습니다.

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